В структуру Штаба входят:
- отдел анализа, планирования и контроля;
- отдел контроля учетно – регистрационной дисциплины;
- направление обеспечения участия территориальных органов МВД России в деятельности антитеррористических комиссий и оперативных штабов УМВД;
- инспекция.